¿no es ese el punto en que empieza cada capa?
Slic3r tiene una opción para empezar en un punto aleatorio, si lo desactivas, te hace coincidir ese punto en todas las capas, creando una costura que puedes lijarla.
Para solucionarlo, creo debes mirar la cantidad que retrae (retraction en mm) al terminar una capa. Si retrae lo mínimo para que no gotee, al empezar otra capa no tendrá que echar más plástico de la cuenta.