supongo que querras decir que tenés el miliamperimetro en serie con la alimentación de los 12V, en ese caso es correcto porque al agregar el usb, gran parte de la electrónica se alimenta desde ahi y por eso te baja el consumo, pero te recomiendo setear los driver midiendo la tensión sobre ellos, una tensión de 0,9V es suficiente en el eje Z como normalmente se utilizan 2 motores tendrías que setear como máx- 1.0V y vas a ver que con esa tensión los motores trabajan bien y sin sobrecalentamientos.
driver-a4988-nema-17-ajuste-voltaje-referencia
