Al principio del gcode, mira si pone una línea como esta:
G90 ; use absolute coordinates
Si estás en coordenadas absolutas y pones G0 Z-0.1 tomará esa coordenada como absoluta e irá hasta la base, estrellándose el fusor con la pieza.
Si estás en coordenadas relativas, entonces sí puedes poner ese negativo y moverte -0.1 en el eje Z.
Para esto tienes que configurarlo en tu fileteador, en alguna parte habla del G90 ó del G91 (coordenadas relativas). También puede venir un caja de verificación que diga "use absolute position" o algo así, desmarcando estarás usando la relativa. Es decir, no puedes modificar el Gcode manualmente y añadir tú el G91, porque todos los desplazamientos pueden haber sido generados en base a coordenadas absolutas.
Espero haberme explicado.