Kommt mir bekannt vor.
Hatte das auch mal. Das lag bei mir am Slic3r.
Hab es jetzt nicht mehr so ganz im Kopf, hing aber mit den Einstellungen für "Raft" zusammen.
Glaube es war eine "Raft-höhe" von einem Layer eingestellt, aber der Haken fürs Raft war nicht gesetzt.
Dadurch hat er beim slicen immer den Rahmen den ich zum primen nutze auf den ersten Layer gesetzt und das eigentliche Objekt erst auf dem zweiten Layer begonnen.
Falls es bei Dir daran liegen sollte, dann stell mal die Raft-höhe auf 0-Layer und kontrolliere das nach dem Speichern.
Es kommt beim Slic3r oft vor, dass kleine Änderungen an den Einstellungen nicht gespeichert werden. Dann musst Du er noch mal versuchen.
Wenn er die Werte wieder nicht übernimmt, dann stell sie einfach ein wenig weiter hoch (zb. von 1 auf 5), speichere, ändere danach den Wert dahin wo er hin soll und speichere wieder. Das ist zwar nervig, klappt aber in der Regel.