Ja, sicher blicke ich noch durch :-)
Selber benutze ich sender.sh nicht, sondern habe XONXOFF eingeschaltet (siehe config.h) und schicke die Daten mit einem Serial Terminal (GtkTerm auf Linux oder CoolTerm auf dem Mac). RepRap Host funktioniert ebenfalls, dann auch ohne XONXOFF. Ganz normal eben.
Das waitfor ist wohl so ein Triffid-ismus. Sieht so aus als ob es darauf wartet, dass avrdude fertig ist. Firmware-Programmierer schicken ja oft vor dem GCode erst mal eine neue Firmware an den Controller.