Non è che si capisce molto...
Gli encoder sono dei "lettori" che segnalano uno spostamento e non determinano un senso di rotazione ma lo leggono e basta.
Se vuoi far girare un motore in direzione contraria ti basterà, se è dc, invertire la corrente, l'encoder leggerà la rotazione contraria.
Se vuoi che sia solo l'encoder a leggere in modo inverso ti basterà invertire i due poli delle fasi.