Странно, может старая версия Марлина/прошивальщика какая?
С тех пор как собрал себе принтер, много чего в компьютере поменялось, аш три операционки сменил, от семерки, до десятки, однако проблемы при компиляции были только у прошивки "Marlin-printrbot-prod", с ней всё время какие-то проблемы. А вот "Marlin_v1", прямиком с гитхаба везде норм.