In pratica hai il mio stesso hardware, io uso un firmware diverso ma Marlin, anche se è una vecchia versione, non mi risulta avere problemi nel settaggio degli step/mm.
Immagino tu abbia collegato un pc alla stampante. Usi Pronterface per il controllo da pc?
Che valori hai inserito in M92 E...?
Dopo la modifica hai provato se con l'output di M503 il valore è stato preso?
Hai salvato i dati in EEPROM?
Luca
CoreXY custom (LF Mark1) 395x360x350 - Mega (clone per ora..) + RAMPS1.4 + 4xA4988 + 4 Nema17 17HS4401 - HotEnd V6 clone con ugello da 0.4mm - RepRapDiscount - Display LCD 2004 Smart Controller - Firmware MK4duo 4.2.9 - Repetier-Host 2.1.6